Субмарина типа "Щука" имеет четыре 533-мм торпедных аппарата с запасом 18 торпед 53-65К, СЭТ-65, ракето-торпед "Шквал ВА-111", иммитаторов МГ-74 "Корунд", ракет "Гранат" или 34 мины. Кроме того, лодка оснащена двумя 650-мм торпедными аппаратами с запасом 6 торпед 65-75.

Торпеда 53-65М:
Дальноходная кислородная самонаводящаяся торпеда 53-65М состоит на вооружении военно-морских сил России и поставляется в другие страны.
Она имеет длину 7945 мм и массу 2070 кг. Масса взрывчатого вещества составляет 307,6 кг.
Кислородная энергосиловая установка позволяет торпеде достигать скорость до 45 уз. Дальность хода 19000 м. Глубина хода находится в пределах от 4 до 12 м. Система наведения имеет два режима. В первом режиме включается система наведения по кильватерному следу, а во втором - акустическая система самонаведения.

Торпеда СЭТ-65:
Самонаводящаяся электрическая торпеда СЭТ-65 МКЭ предназначена для поражения подводных лодок Может быть использована с надводных кораблей и подводных лодок. Торпеда оснащена гидроакустической активно-пассивной системой самонаведения на маневрирующую цель независимо от уровня ее ходовых шумов. Система управления движением по курсу, глубине и крену позволяет осуществлять двухплоскостное маневрирование торпеды и вывод ее в зону срабатывания акустического неконтактного взрывателя либо прямое попадание в цель, при этом подрыв заряда производится двумя взрывателями.
Энергосиловая установка торпеды включает одноразовую электрическую батарею, биротативный двигатель и обеспечивает бесследность движения, постоянство скорости и дальность хода торпеды независимо от глубины хода.
Торпеда надежна в действии и безопасна при длительном хранении без дополнительного обслуживания в торпедных аппаратах (на стеллажах носителей) и арсеналах. Хранение и транспортировка производится в герметичном контейнере, заполненном азотом.
Для боевой подготовки специалистов ВМФ имеется практический вариант торпеды.

Торпеда 65-76:
Торпеда 65-76. Калибр - 650 мм, длина 11 м, дальность - 27 миль, скорость - 50 узлов, перекисно-водородная, конструкции 1976 года. Ее движение обеспечивается реакцией концентрированной перекиси водорода с водой, в результате чего выделяется водород, который под давлением поступает на турбину. Перекись водорода размещается в металлической емкости внутри торпеды.

Ракето-торпеда "Шквал" VA - 111
Одним из важнейших элементов вооружения модернизированного атомохода должен был стать противолодочный ракетный комплекс "Шквал". В состав комплекса "Шквал" входила сверхскоростная подводная ракета, развивающая 200 узлов (при дальности хода 11км.). Это достигалось использованием двигателя, работающего на гидрореагирующем топливе, а также за счет движения снаряда в газовой каверне, обеспечивающей минимизацию гидродинамического сопротивления. Управление ракетой, снабженной ядерной боевой частью, осуществлялось посредством инерциальной системы, не чувствительной к помехам. Первые пуски подводной ракеты были выполнены на озере Иссык-Куль в 1964 году, а 29 ноября 1977 года комплекс ВА-111 "Шквал" с ракетой М-5 был принят на вооружение ВМФ.

Ракетный комплекс ПЛО РПК-2 "ВЬЮГА"
предназначен для поражения подводных лодок и находится на вооружении многоцелевых АПЛ ВМФ России.
Стрельба производится через торпедные аппараты ракетами 81Р.

Самоходный многоцелевой прибор гидроакустического противодействия МГ-74Э
Предназначен для использования с подводных лодок (ПЛ) с целью подавления приемных трактов гидроакустических станций (ГАС) и отвлечения сил противолодочной обороны (ПЛО) противника на ложные направления.

С-10 Гранат (3М-10; SS-N-21 Sampson) - КР морского базирования
Дозвуковая малогабаритная стратегическая крылатая ракета, совершающая полет с огибанием рельефа местности на малой высоте, предназначена для использования против важных стратегических обьектов противника с заранее разведанными координатами.

Якорный противолодочный минный комплекс.
Комбинация якорной мины со скоростной подводной автоприцельной ракеты.
Мины атакуют цели сами. Их минная аппаратура обнаруживает и классифицирует ПЛ-цель, определяет курс, глубину хода, решает задачу по оптимизации траектории перехвата цели и выдает команду на старт ракеты, которая движется к цели со скоростью 80 м/с

Противолодочная мина-ракета ПМР-2Э.
ПМР-2Э предназначена для поражения подводных лодок (ПЛ) и представляет собой комбинацию якорной мины с подводной ракетой. В состав ПМР-2Э входят пассивно-активная аппаратура системы обнаружения и целеуказания, подводная ракета с комбинированным взрывателем, источник питания, предохранительно-функциональные приборы.